Bir Öğrencinin Genetik Bilimine Girişi ...

Biyoloji, Biyomühendislik, Moleküler Biyoloji ve Genetik... Bu bölümlerden en spesifik olanı MBG olsa da Biyomühendislik ve Biyoloji bölümünde okuyan öğrencilerin de Genetik bilimine yaptığı katkı göz ardı edilemez.

Aslında bu konuda verilebecek en güzel yanıt , herhangi bir öğrencinin bu bilim dalını sevmesi ve buna ilgi duyarak elinden geldiği kadar biraz çaba göstermesidir.

İlk olarak okuduğu bölümlerde laboratuarı gören öğrenci milleti, o ilk heyecanıyla çok şey yapmak istiyor ne yazık ki... Fakat her nedense eline bir pipet bile alması onu kendinden geçirmeye yetiyor hatta artıyor ile en başlarda. Bundan sonra ki çeşitli deneylerde yeterli bilgileri kendi çapında ve istedii gibi edinip yürümek istediği yolda emin adımlarla hedefine ulaşmaya çalışıyor. Tabi bunlar sadece öğrenciye yeterli mi? Hayır. Staj yaparak daha fazla tecrübe edinip neyin nasıl yapıldığını görerek 'kendi' olmak istiyor resmen ...

Artık asıl konuya gelmek lazım. Genetiğe giriş/\

Moleküler Biyoloji ve daha sonra Genetik gibi derslerle teorik bilgi sahibi olan öğrenci bunun uygulama alanlarına nasıl başlyor sizce?

İlk olarak Genetik biliminin temelini oluşturan en önemli mekanizmayla... PCR(Polymerase chain reaction). Küçücük oligonükleotitler kullanarak belirlemek istediği gen bölgesini milyonlarca çoğaltıp DNA parçaıkları elde ediliyor. Bu işlemi önce DNA 'larını izole ediyorsun ve yaparken kullandığın malzemeleri görüp şaşırıyorsun en başında ,ama zaman ilerledikçe bu işlemin ne kadar önemli olduğunu anlıyorsun.

Bu işlemden sonra çok fazla sayıda elde ettiğin DNA parçacığını görmek istemez mi öğrenci... Sıra geliyor ki bu DNA'nın jelde görüntülenmesi işlemine(ilk görüş çok heyecanlı).

Önce güzelce tarak yerleştirmeyi ve daha sonra özenle hazırlamayı ögreniyorsun 'Jeli'. Agarosunu kaynatıp Etidium Bromür'ünü ekleyip donmasını bekleme aşaması bile ilk kısımda heyecan verici. Daha sonra elde ettiğin DNA'ları o küçük taraklara yüklüyosun ve yürütme işlemini bir güzel yaptıktan sonra ultraviyole ışık altında o görüntüyü görüyorsun...

Bu kadar işlemle sadece PCR işleminin çalışıp çalışmadığını ve elde ettiğin DNA'nın baz dizisinin ne kadar olduğunu görebiliyorsun ama işin bundan sonra ki kısmıda var. Genotip öğrenmek için bide Enzim kesimi yapıp homozigot u heterozigot mutant mı oldugunu görmek daha heyecanlı. PCR ürününü o bölgeyi spesifik olarak tanıyan bir kesim enzimi kullarak çok rahatlıkla Genotip analizi yapabiliyorsun.

Enzim kesimi işleminde PCR ürünü ve enzimle ( Buffer'sız  olmaz bu işler :D ) bir mix yapıp 20 saat inkübasyona bırakınca sevgili enzimimiz kendi başına bu işlemi yapıyor ve siz bu ürünüde yine agarose jele yükleyip bantların yerleşimini görebiliyorsunuz.

Bu kısım Genetik biliminin temelini oluştursa da şu an teknolojinin ilerlemesiyle diğer bilim dalları gibi Genetik bilimi de baya yol katetti diyebiliriz.

Bunu en iyi ve tek örneği Light Cycler 480 cihazı. Bu cihaz genotipleme ve dizi analizi dışında expresyon işleminide çok kısa sürede yapabilen mükemmel bir cihaz. Öyle ki, plate'e yerleştirdiğin 96 örneğin genotip veya expresyonunu en fazla 1 saat 15 dk gibi kısa bir süre içerisinde analizi yapıp verebiliyor.

Tabi  bunu ilk defa gören bir insan neden o kadar PCR işlemi yapıp jel yukledğini , daha sonra enzim kesimi yaptığını merak ediyor ama dediğimiz gibi bunlar Genetik bilimi için bir TEMEL oluşturuyor.

Bu işlemlere başlamada benim üzerimde teorik bilgilerde etkili olan Y.T.Ü. Biyomühendislik bölümünden Doç. Dr. Dilek Turgut Balık'a  , daha sonra  deneyesel ve pratiksel çalışmada her türlü desteğini esirgemeyen Çapa Tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı Enstitüsü, Moleküler Endokrinoloji ve Genetik Lab.'ndan Biyolog Dr. Fatmahan Atalar'a ve asistanlarım Gökçe Akan  ve Tuğba Tarhan'a ,ortak projede birlikte çalıştığım ve primer dizaynı gibi çeşitli konularda yardımını esirgemeyen Sabancı Üniversitesi Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Bölümünde doktora yapan Ayça Tekiner'e teşekkürü bir borç bilirim.

Adil ÇOLAK

The World of Chemistry...

polimerazı istemek bile bir çare değil...

Hayat ne tuhaf dimi... İnsan bazı zamanlar beynini çok yönlü kullanabilirken bazı zamanlarda ise tekdüzelikten çıkamıyor ne kadar istese de... Çünkü beyni öyle alışılmış durumlara odaklamışız ki beynimiz yeni düşünceleri sanki immun sistemde olduğu gibi farklı bir durum olduğunda onu yabancı bir maddeymiş gibi algılar duruma geliyor. Aslında bizim için gerekli olan tek şey polimeraz enzimleri.

Bildigimiz gibi polimeraz enzimleri polimerik uzun içerikli biyolojik reaksiyonlarda kataliz görevi gören yönetici durumundadırlar. Polimerazlar sadece etki edebildikleri spesifik reaksiyonlarda iş başı yapıyorlar ama istediğimizde kendi amaçlarımızda kullanabileceğimiz bir polimerazımız olsa keşke...

Bu durumu en başta çok çekici görüp istemek yanlış gibi görünmüyor. Mesela, öyle bir polimeraz enzimi olmalı ki isteyipde değiştiremediğimiz düşünceyi belirleyen beynin herhangi bir lobunu kodlayan veya çoğalma gösteremeyen gene öyle bir etki etsin ki beynin istemsiz kalan bölümünü aktifleştirsin... Yani bizi farklı düşüncelere götürsün ve yeni şeyler düşünmeye açsın =)

Böyle düşünmek güzel ama bu zor gibi görünüyor. Söylediğimiz gibi enzimler spsifik çalışıyor ve hep aynı işleri görüyor. DNA polimeraz enizmi işlev yaparken hep aynı bazları eşliyor. Biyokimyasal reaksiyonlarda katalizci enzimlerimiz de aynı şekilde bizim gibi tekdüzeliğe devam ediyor... Aslında her durumda her zaman herşey kendi amacına göre işlemler yapmak zorunda gibi :(

Değişime çare bulmakta fikirler tükenmiyor fakat çare bulamasakta değişimi değiştirmede değişiklik yapana kadar değişimi hissettiren değişikliklere değer verip düşünmek dilğiyle ....  

son cümle çok abartılı oldu galiba =))

İşte dünyanın son genom şampiyonu...

Genom dediğin böyle olur... Kew's Jodrell laboratuarındaki araştırmacılar, bilinen en büyük genoma sahip ökaryotik canlıyı keşfederek yeni bir imzaya attılar. Japonların ender çiçeklerinden 'paris japonica' isimli çiçek tüm rekorları alt üst etmeyi başardı ;)

http://biyorss.com/?p=3822

Genomik dizisi çıkarılan bitkinin baz sayısını duyunca şaşırmamak elde değil... tam 150 milyar baz bulunduran japonica, 3milyarlık genoma sahip insanı 50'ye katlıyor =)

Daha doğrusu bu ne demek biliyormusunuz? iki ucundan çekildiğinde 100 metreyi bulan bi ip gibi düşünebilirsiniz =) yani tek kelimeyle devasa...

Umarım biz de bigun böyle şeyler bulmamız dilegiyle....

Attacking influenza: how human monoclonal antibodies neutralize the flu ...